El programa ECOSISTEMAS impulsa la restauración, conservación y manejo sostenible de los ecosistemas costero-marinos del Estero de Jaltepeque, promoviendo la recuperación del manglar, la rehabilitación de canales estuarinos y la protección de la biodiversidad. Nació a partir de la experiencia del proyecto "Restaurando Ecosistemas y Paisajes" y, desde entonces, ha evolucionado para integrar acciones de restauración ecológica, monitoreo científico, educación ambiental y fortalecimiento comunitario.

A través de alianzas estratégicas, el programa desarrolla iniciativas como la limpieza y rehabilitación de canales y esteros, reforestación con especies de manglar, liberación de postlarvas de camarón, monitoreo de fauna mediante cámaras trampa, jornadas de limpieza submarina y costera, así como procesos de formación con comunidades, pescadores, lancheros y guías locales.

Estas acciones fortalecen la conectividad ecológica del manglar, recuperan hábitats críticos y contribuyen al desarrollo de un turismo de naturaleza responsable, generando beneficios ambientales, sociales y económicos para las comunidades del Estero de Jaltepeque.